Science最新发表的论文证明施一公的Science论文的确错了
19 07 2009年7月16日Science网站发表美国俄勒冈健康与科学大学Eric Gouaux实验室（同样属“生命科学领域的最高荣誉之一”HHMI）的一篇论文，该论文以较高的分辨率解析出了ApcT蛋白质晶体结构。这个蛋白质的氨基酸序列和功能与施一公解析的AdiC相似，通过比较两个蛋白质晶体结构，Gouaux论文的观点与Miller在Nature发表的论文的结论一样，认为施一公的晶体结构搞错了一圈，导致许多氨基酸残基，包括一些关键的氨基酸残基，都不在正确的位置上。
Structure and Mechanism of a Na+ Independent Amino Acid Transporter
Paul L. Shaffer, April Goehring, Aruna Shankaranarayanan, and Eric Gouaux
Published online July 16 2009; 10.1126/science.1176088 (Science Express Reports)
“The arginine/agmatine antiporter from Escherichia coli(19) (AdiC) is a member of the APC transporter family. Recently Gao et al. reported its crystal structure (25). Because ApcT is related to AdiC in amino acid sequence and in biochemical function, we compared our structure of ApcT, determined at 2.35 A resolution, to the structure of AdiC, solved at ~3.6 ? resolution (PDB code 3H5M). As anticipated from the relationships in amino acid sequence, the protein folds of ApcT and AdiC are similar. We found significant discrepancies, however, between the superpositions of the ApcT and AdiC structures and the independently aligned amino acid sequences in the transmembrane segments 6, 7, and 8 (figs. S11 and S12). Analysis of the structures and the sequence alignments leads us to conclude that in the AdiC structure, in the regions of TMs 6, 7, and 8 and perhaps to the C terminus, the amino acid sequence is off register by several amino acid residues relative to ApcT, beginning at the “loop” between TMs 5 and 6. This means that many residues after the end of TM5, including key residues such as Glu208, Tyr239 and Trp293, are “frame shifted” by ~4 residues or about one turn of a-helix (25) (figs. S11 to S13). Because of this frame-shift, we have not used the AdiC structure in our analysis of APC transporters.”
可不可以行间距调大一些，页面宽一些？应该会美观一些。
头部的红色橙色抽象画很抽象，希望弄个中性一些的。
抱歉，在这里问个其它问题。
想问一下方先生，你的书《爱因斯坦信上帝吗》已经发行了吗？我在广西科学技术出版社网站上看到说该书7月15日可发货，但这几天我在网上各大购书站点上却没看到，所以有此一问。
查文献的时候，发现类似的事情太多了，请问可以在这里投稿吗？
[43] 标题：学术问题可以在圈外讨论吗
发表评论人：[游客]popp@fo.com [2009-7-23 23:39:23]
说实话，方舟子的第一篇文章，即报告施一公出错的文章，都是事实描述，只有一两个带有色彩的地方，比如“清华大学为此大肆宣传”有色彩，别人可以说清华宣传了，但没有“大肆宣传”；而【方舟子按：原来生命科学领域又多出了一项最高荣誉，只要施一公沾上了即可】可以说没有色彩，是说清华宣传的太没有常识而且过火了；其他部分连色彩都没有。还有两个地方会让和施一公相关的人难受，但是我看他人就没有必要为此表现得很难受了：一是题目“施一公的清华团队在Science发表了错误论文怎么办”问了一个冰冷的问题，但是这是根据事实问了和施一公相关的人一个问题，也是公众、纳税人要问的问题，二是是他根据自己的分析说施一公错了。
所以，我很奇怪，那些攻击方舟子的说方舟子做人刻薄，你看看方舟子这篇文章哪里不厚道了，你们评论这件事情的文章多数比方舟子的文章有色彩，有的还有人身攻击，同时还做出道德表率的模样，真是讽刺。
我认为：学术的对错，当然最好是需要专业人士来判断，不能由非专业的舆论的判断，但是学术研究行为的对错，公众有知识、有能力、有权利去判断对错。这就是说最后施一公研究成果有没有问题，应该由施一公研究领域的期刊和专家的去评判；人们猜测施一公抢别人成果的问题，施一公回国后表现和这次研究的表现，公众可以判断；施一公的研究是不是低智力高技术的重复劳动，这个对学术圈有了解的都可以评判。
有人扯Miller反对把学术界的问题搞到一般博客讨论，且不说Miller有没有说过这样的话、是不是这个意思，这个人明显混淆了学术成果的对错和学术行为的对错，如果学术界有特权，公众不能讨论、监督他们的行为，那不是意味着他们可以随心所欲地浪费、腐败、作假？所以这个人事实上是为学术不端辩护。
另外，有的学术成果问题和学术行为问题是纠缠在一起的，而学术圈里通路不畅，不容易解决，必须给人匿名爆料、甚至报复的权利，比如韩国的黄禹锡，就是他的前下手到网络上爆的料，如果要求他到杂志或者政府去揭露，估计他不敢，或者他个人结果很惨。当然，网络爆料不意味着个人言行没有责任，另外，多数情况下，被冤枉的人的学术名声不会什么影响。
像这些错误的论文会不会被science撤稿呢？
搞笑呢，看来关注这些东西的人都是NC人士，你去SCINECE去举报撤稿？
回复GN：错就错呗， 这种事情很正常， 后人推翻前人的结论， 没必要把前人的文章撤稿
科学本来就是这样，有一个发现，别人发现错了，然后后人再去完善，后来人发现又错了，只有这样科学才能够进步。这样的错误在学术界每天起止发生百件，难道方先生长久不做科研，这样基本的道理都忘记了么？关键是你想借这个事情说明什么呢？
在生物医学界，即使是CNS的顶尖杂志，都发生过第一个月发表的理论第二个月被人推翻，第三个月有人更正这样高频率的错误率。这说明了这样的发现得到了学界的重视，所以才会有这么多人去重复它去更正它，如果一个理论提出来以后从来没人质疑它那只能说明那样的理论根本没人去关注，仅此而已，这没什么大不了的吧。
科学就是不断被推翻的过程。